Högsta lärare på Hombu dojo var osensei fram till sin död 1969, därefter hans son Kisshomaru Ueshiba fram till dennes död 1999, och numera Kisshomarus son Moriteru Ueshiba, född 1951. Han är också ordförande i Stiftelsen Aikikai, samt ständig president i IAF, Internationella Aikidofederationen. Moriteru Ueshibas formella titel är doshu (ungefär 'ledare för vägen').

På Hombu dojo bedrivs intensiv träning i ett antal pass per dag, under en lång rad höggraderade instruktörer anställda av Hombu dojo. Den centrala träningslokalen på 2:a våningen har fem pass om dagen, från 06:30 på morgonen till 20:00 på kvällen. Här är schemat. Här är en lista på Hombu dojos instruktörer.

Hombu dojo delar en engelsk- och japanskspråkig hemsida med Stiftelsen Aikikai: Aikikai Foundation

Alla som blir dangraderade i Aikikai - oavsett var i världen de bor - blir därmed också medlemmar i Hombu dojo, som också producerar deras diplom och håller ett register över samtliga dangraderade inom Aikikai. För detta tar Stiftelsen Aikikai och Hombu dojo ut ganska höga avgifter för varje dangrad.

Hombu är mycket mer än en dojo, i och med att den är högkvarter för Aikikais aikido. Här sitter den graderingskommitté som beslutar om rekommendationer till graden 5 dan och uppåt. Här finns ett internationellt kontor som håller kontakten med alla aikidoorganisationer i världen som har Hombu recognition eller vill ha det, och avgör om de ska få dangradera i Hombus namn, och så vidare.

Det är ofta oklart var gränsen går mellan Hombu dojo och Stiftelsen Aikikai, vad gäller arbetsuppgifter och beslut - men skillnaden är ringa redan i det att samma personer styr i båda organisationerna. Doshu Moriteru Ueshiba styr över såväl Stiftelsen Aikikai som Hombu dojo, men det är flera äldre aikidolärare och seniorer i personalen som också har mycket stort inflytande.

Efter Saito senseis död år 2002 har Hombu dojo tagit över verksamheten på dojon i byn Iwama, i prefekturen Ibaraki. Dojon kallas numera Ibaraki branch dojo. Huvudinstruktör där är Hiroshi Isoyama. Här är information om dess verksamhet: Ibaraki branch dojo